延応元年（1239）
伊勢国安濃津 祐範 により創建。元は真言宗寺院で曩謨寺と称した。
「我東漸の願いあり、これより東有縁の地を求めて、堂宇を建て、我が分身を安置せよ」という国府の弥陀からの夢告を受け建立。当寺に伝わる由緒記には「末寺十数か寺を擁する」と伝わるが、祐範から阿弥陀寺初代住職良増までには約250年の間があり、この間についての史料は残っていないため、これらは伝説にすぎない。
ただし『源平盛衰記』『十六夜日記』『沙石集』のなかに見られる「下津」に関する記載（下記参照）により、平安末期から曩謨寺建立となった鎌倉期におけるこの地の往来の盛んであった様子とそこを拠点とした規模の大きさなどが推測できる。
- 『源平盛衰記』（宝治元（1247）～建長元（1249）年ごろ成立。）
治承五(1181)年三月 墨俣合戦の頃
「十朗藏人行家小熊の陣をおとされ尾張國おりどに陣す云々」
- 『十六夜日記』（阿仏尼著。弘安五（1282）年ごろ成立）
建治三(1277)年1十月十六 京を発って東へ下ったのち
「二十日をはりのくにおりどといふうまやを行く」
- 『沙石集』（無住一円著。弘安六（1283）年成立。）
薬師観音利益事「本國へ下ル程ニ下津河水マサリテ」
巻六 袈裟徳事「去文永七(1270)年七月十七日尾張國折津ノ宿ニ雷神落テ」
巻八 馬カヘタル事「雄馬ニカウベシトテ下津ノ市ニ行ケル道ニテ」
文明年間（1469～1487）
蓮如上人が訪れたのを契機として、浄土真宗に改宗。
寺伝によれば「六字名号」（稲沢市指定文化財）は、その際蓮如上人より付与されたものとされる。
